Un sistema de permisos le facilita a los programas de gestión de calidad del aire el poder abordar los problemas de contaminación de fuentes de emisión estacionaria. Ante la ausencia de algún sistema de licencias, si la agencia gubernamental desease detener las operaciones de una empresa contaminante, en la mayoría de los países del mundo se requerirá que la agencia gubernamental demuestre que la empresa debe ser detenida para que deje de contaminar. Esto requeriría una gran cantidad de tiempo y aumentaría el nivel de información que la agencia reguladora debería levantar. Por otra parte, si las empresas debiesen obtener un tipo de permiso para operar y producir emisiones, entonces la agencia reguladora que entrega estos permisos necesitara un tiempo menor y también menor cantidad de evidencia para detener la operación de la empresa contaminante. El permiso o licencia de operación estipula los límites máximos de contaminación permitidos, así como también requisitos necesarios que las empresas deberán cumplir para poder seguir en operación. Si se sospecha de que una compañía esta infringiendo las condiciones de su permiso, entonces el permiso se puede cancelar colocando a la empresa en la posición de demostrar que si está cumpliendo los requisitos pactados en su permiso de emisión. Por este motivo los programas de cumplimiento y fiscalización han implementado sistemas de permisos como herramienta de soporte para la regulación y control de los niveles de emisión.

Los permisos generalmente se entregan en las tres formas siguientes:

1. Permiso de construcción

2. Permiso temporal de operación

3. Permiso de operación

Un permiso de construcción, consiste en el permiso que una empresa contaminante requeriría para poder expandir una instalación actual o instalar una nueva. Un permiso de construcción no sería necesario si los cambios o modificaciones no tienen impacto sobre sus emisiones. La instalación no podrá comenzar su construcción hasta contar con el permiso de construcción entregado por la agencia fiscalizadora.

Un permiso temporal de operación corresponde al permiso que la empresa contaminante necesita para realizar las pruebas de puesta de servicio de su nueva instalación. Estos permisos generalmente tienen una duración de 1 año, aunque en algunos casos se permiten renovaciones. Este permiso de operación temporal es usado durante el período en que las pruebas de niveles de emisiones son realizadas para demostrar al ente regulador que la empresa está en cumplimiento de los requisitos exigidos en los permisos de construcción.

El permiso de operación es entregado a nuevas empresas o ya existentes una vez que la agencia de control o fiscalización este convencida de que la empresa se encuentra operando acorde a los requisitos exigidos. Un permiso de operación tiene una duración típica de uno a máximo dos años.

Además de los beneficios de control y fiscalización que un sistema de permiso ofrece, este sistema también puede servir como una base para recibir ingresos que ayuden a financiar el programa de control y regulación de emisiones. Este punto se discute en la siguiente sección.